共青团哈尔滨工程大学委员会是在学校党委和团省委领导下的先进青年的群众组织。校团委机关下设组织部、宣传部、社会实践部、创新创业部、社团管理部5部门,下辖21个学院团委,指导校学生会、校研究生会、校学生社团联合会、校学生科技协会、校大学生创业联盟、校青年志愿者协会、校启航大学生传媒中心、《青春校园》杂志社、“阳光论坛”策划中心、校青年调研中心10个直属校级学生组织。